Covid, test de salive contre écouvillons dans le nez et la bouche. Qui remporte le défi?
Deux études récentes parviennent à des conclusions différentes sur l’efficacité des deux types de tests. Dans certains cas, de multiples traces d’ADN ont été détectées avec la salive et des patients asymptomatiques ont également été identifiés
Tests salivaires: plus pratiques à réaliser et moins gênants qu’un écouvillon, mais sont-ils tout aussi fiables dans les résultats? Dans une phase où le dépistage de masse est visé et des solutions sont recherchées pour tester autant de personnes que possible, les chercheurs tentent de trouver des méthodes de diagnostic alternatives aux écouvillons. Les tests salivaires pourraient s’avérer très utiles en particulier dans les écoles et les lieux de travail, des environnements où les personnes à tester peuvent atteindre plusieurs dizaines, voire centaines. Et très souvent, dans de tels environnements, il est nécessaire de trouver rapidement les points positifs précisément pour éviter une propagation incontrôlée du virus. Deux études récentes, l’une publiée il y a quelques jours dans le New England Journal of Medicine et l’autre dans les Annals of Internal Medicine, fournissent quelques premières réponses qui ne sont pas tout à fait claires.
Le studio Yale
Une équipe de chercheurs de l’Université de Yale a identifié 70 patients hospitalisés atteints de Covid-19 dont les infections avaient été confirmées avec des écouvillons nasopharyngés traditionnels. Chaque fois qu’un professionnel de la santé effectuait des tests supplémentaires sur écouvillon nasal, les chercheurs demandaient aux patients de subir également un test de salive. Ils ont constaté que les tests de salive étaient plus efficaces pour détecter le coronavirus. Dans les cinq premiers jours suivant le diagnostic, 81% des tests salivaires étaient positifs, contre 71% des tests nasopharyngés. Un écart similaire est resté dans les 10 jours suivant le diagnostic.
Plus de traces d’ADN et plus de diagnostic chez les asymptomatiques
De plus, les chercheurs ont trouvé plus de copies du matériel génétique du virus dans la salive des patients que dans des échantillons prélevés dans leurs voies nasales. Pas seulement. Les chercheurs voulaient également voir ce qui se passait si des personnes atteintes d’infections asymptomatiques étaient testées. Pour cela, ils ont recruté 495 agents de santé sans aucun signe de Covid-19 et leur ont fait subir un test de salive. Treize des tests étaient positifs. Parmi ces 13 personnes, neuf avaient eu un prélèvement nasal le même jour et seuls deux de ces tests étaient positifs. Cependant, les 13 tests salivaires ont été confirmés par la suite par d’autres tests nasopharyngés.
L’étude canadienne
Les conclusions d’une autre recherche américaine récemment publiée dans les Annals of Internal Medicine sont quelque peu différentes . Dans ce cas, en fait, les kits d’auto-administration qui utilisent de la salive pour tester Covid-19 étaient moins efficaces pour détecter le virus que les prélèvements standards du nez et de la gorge. L’étude a révélé que sur les 70 échantillons positifs, le virus a été détecté dans 80% des écouvillons et seulement 68,6% des échantillons de salive.
Recherche avec le kit d’auto-administration
Des chercheurs de l’Université d’Ottawa ont recruté des personnes asymptomatiques à haut risque et des personnes présentant des symptômes bénins. Les adultes ont fourni un échantillon de salive en utilisant un kit d’auto-prélèvement et un écouvillon standard en même temps. Ces kits sont conçus pour l’auto-collecte sans l’aide d’un expert et peuvent stocker le matériel viral à température ambiante pour le transport et l’analyse.
Les resultats
Sur les 1939 échantillons combinés d’écouvillon et de salive testés, le gène Sars-CoV-2 a été détecté dans 70 échantillons, 80% avec des écouvillons et 68,6% avec de la salive. Trente-quatre participants (48,6%) ont été testés positifs pour Sars-CoV-2 sur des échantillons d’écouvillon et de salive. Des résultats de test discordants ont été observés chez 22 participants (31,4%) qui ont été testés positifs avec l’écouvillon seul et chez 14 (20%) qui ont été testés positifs avec la salive seule. Des écouvillons ont été obtenus à partir du nasopharynx chez 35,7% des participants qui ont été testés positifs avec la salive seule, contre 9,1% des participants qui ont été testés positifs avec l’écouvillon seul.
Les avantages d’un test salivaire
La détection salivaire du SRAS-CoV-2 a été proposée comme alternative aux méthodes de diagnostic standard par écouvillon. En fait, les tests salivaires présentent des avantages potentiels: le prélèvement ne nécessite pas de personnel qualifié ni d’équipement de protection individuelle, peut être effectué en dehors des centres de test et peut être mieux toléré dans les populations difficiles ou pédiatriques. Mais cela nécessite quelques précautions. En raison de l’instabilité de l’ARN génétique, l’utilisation de la salive brute nécessite un transport rapide vers un laboratoire pour l’extraction du matériel viral et l’analyse de la réaction en chaîne de la polymérase. Les chercheurs ont en effet souligné que dans leur étude un nouveau kit de collecte contenant un agent conservateur et un liquide viricide a été utilisé, ce qui permet un stockage et un transport sûrs et stables des échantillons. «Nos résultats – poursuivent-ils – s’ajoutent à ceux des études précédentes, qui se sont concentrées sur les tests salivaires de patients symptomatiques et hospitalisés selon lesquels les tests salivaires peuvent être plus sensibles». De plus, des personnes asymptomatiques et légèrement symptomatiques ont également été incluses dans cette recherche canadienne pour simuler le dépistage de masse du Covid-19.
Les limites de l’étude
Les chercheurs eux-mêmes reconnaissent que l’étude a des limites importantes. Premièrement, il est difficile d’évaluer la performance d’un nouveau test de diagnostic en l’absence d’un véritable étalon-or. Le taux rapporté de faux négatifs avec les tests de réaction en chaîne de la transcriptase inverse polymérase pour le SRAS-CoV-2 à l’aide d’écouvillons est d’environ 38% au début des symptômes et jusqu’à 100% peu après leur apparition. Dans l’étude canadienne, 20% des cas de Covid-19 ont été détectés uniquement par la salive, ce qui confirme davantage l’idée que le test sur écouvillon peut être une norme de référence pas entièrement fiable. Deuxièmement, l’écouvillon nasopharyngé ou oropharyngé a été réalisé en fonction de la disponibilité des écouvillons au laboratoire,
